Релігійний фактор в історії Росії
Наступні рішення Никона були більш обміркованими і підкріплювалися авторитетом церковного собору й ієрархів грецької церкви, що додало цим починанням видимість рішень усієї російської церкви, що підтримала «всесвітня» (тобто константинопольська) православна церква. Такий характер мали, зокрема, рішення про порядок виправлень у церковних чинах і обрядах, затверджені навесні 1654 р. церковним собором.
Зміни в обрядах були здійснені на основі сучасних Никону грецьких книг і практики константинопольської церкви, відомості про яку реформатор одержував головним чином від антиохійського патріарха Макарія. Рішення про зміни обрядового характеру були затверджені церковними соборами, скликаними в березні 1655 р. і в квітні 1656 р. Ці рішення ліквідували розходження в церковно-обрядовій практиці між російською і константинопольською церквами. Більшість змін стосувалося оформлення церковної служби і дій священо- і церковнослужителів під час богослужіння. Усіх віруючих торкнулася заміна двоперстя на триперстя при здійсненні хресного знамення, «трискладового» (восьмиконечного) хреста на двоєчастий (чотириконечний), ходіння під час обряду хрещення по сонцю («посолоню») на ходіння проти сонця і деякі інші зміни в обрядах.
Істотне значення для служителів церкви і віруючих мало також виключення зі служб, в основному з літургії, архієрейської молитви, отпуста і деяких ектеній. Це спричинило за собою значне скорочення об'єму тексту, укорочення церковної служби і сприяло затвердженню «одноголосності».У 1653 - 1656 р. проводилося виправлення богослужбових книг що мотивувалося тим, що в стародруках було багато помилок, уставок, і тим, що російський богослужбовий чин дуже істотно відрізнявся від грецького. За основу було взято текст, що був перекладом на церковнослов'янську мову грецького служебника XVII в., що, у свою чергу, виходив з тексту богослужбових книг XII-XV ст. Новий служебник був схвалений церковним собором 1656 р. і незабаром опублікований.
За сім століть, що пройшли після релігійної реформи князя Володимира, весь грецький богослужбовий чин дуже змінився. Двоперстя (що ввійшло в звичай замість колишнього єдиноперстя), замінилося під впливом боротьби з несторіанами триперстям (кінець XII століття); також змінилося перстоскладання при благословенні; усі богослужбові чини стали коротше, деякі важливі піснеспіви були замінені іншими. Так, були змінені і скорочені чини миропомазання і хрещення, покаяння, єлеосвячення і шлюбу. Більше всього змін виявилося в літургії. У результаті, коли Никон замінив старі книги й обряди новими, вийшло як би введення «нової віри».
Більшість духівництв поставилося до нововиправлених книг негативно. До того ж серед парафіяльного духівництва і ченців було багато малограмотних, котрим приходилося переучуватися з голосу, що було для них дуже важкою справою. У такому же положенні виявилася більшість міських духівництв і навіть монастирі.
Никон і в рішенні справ, які відносилися до компетенції царської влади, став у 1654-1656 р. «великим государем», фактичним співправителем Олексія Михайловича. Улітку 1654 р., коли в Москві спалахнула епідемія чуми, Никон сприяв виїзду царської родини зі столиці в безпечне місце, а коли під час війни з Річчю Посполитою і зі Швецією цар надовго залишав столицю, Никон відігравав роль глави уряду і самостійно вирішував цивільні і військові справи. Правда, для спостереження в Москві залишалася комісія боярської думи, а більш важливі справи пересилали для вирішення в похід царю. Але Никон підкорив комісію боярської думи своїй владі. Під час відсутності царя, вона стала доповідати всі справи йому. У вироках по справах з'явилася навіть формула: «...святіший патріарх вказав і бояри присудили».
Зарозумілість Никона і його активність росли разом з успіхами зовнішньої політики Росії, тому що у визначенні її курсу він теж брав діяльну участь.
Але за невдачі 1656-1657 р. у зовнішній політиці оточення царя склало провину на Никона. Активним втручанням буквально в усі справи держави і прагненням нав'язати усюди свої рішення, у тому числі шляхом погроз (щонайменше двічі через незгоду царя з його «радами» Никон загрожував залишенням патріаршої кафедри), став тяготитися і цар. Почалося охолодження відносин між ними. Патріарха рідше стали запрошувати в царський палац, Олексій Михайлович все частіше спілкувався з ним за допомогою посильних з царедворців і робив спроби обмежити його владу, з чим, звичайно, не бажав миритися Никон. Цю зміну використовували світські і духовні феодали. На Никона зводилися обвинувачення в порушенні законів, користолюбстві і жорстокості.
Відкрите зіткнення між царем і патріархом, що призвело до падіння Никона, яке відбулося в липні 1658 р. Приводом для нього послужила образа окольничим Б.М. Хитрово патріаршого стряпчого князя Д. Мещерського 6 липня під час прийому до Кремля грузинського царевича Теймураза (Никон не був запрошений). Патріарх листом зажадав від царя негайного покарання Б.М. Хитрово, але одержав лише записку з обіцянкою розслідувати справу і побачитися з патріархом. Никон не задовольнився цим і розцінив подію як відкриту зневагу до його сану глави російської церкви. 10 липня 1658 р. цар не з'явився на урочистій обідні в Успенському соборі. Князь, що прийшов замість його, Ю. Ромодановський сказав Никону: «Царська величність ушанував тебе як батька і пастиря, але ти цього не зрозумів, тепер царська величність велів мені сказати тобі, щоб ти надалі не писався і не називався великим государем і шанувати тебе надалі не буде». По закінченню служби Никон оголосив про залишення патріаршої кафедри. Він розраховував, що його безпрецедентний крок викличе замішання в урядових колах і в країні, і тоді він зможе диктувати умови свого повернення царю. Подібне положення не влаштовувало царську владу.