Київо-Могелянська Академія
Завдяки ідейній спрямованості всієї системи навчання в Києво-Могилянській академії її прогресивні професори прагнули спиратися на доктрини, які суперечили б не лише схоластизованому арістотелізмові, томізмові, а й вченням представників іншої схоластики. У своїх пошуках вони натрапляли на візантійську патристику, італійський гуманізм, вчення епохи Відродження, на філософію і науку Нового часу. Відбувається зміна ціннісних орієнтацій усієї вітчизняної філософії, зумовлена зародженням нового суспільного ладу.
Учення отців церкви, догми Біблії уже не задовольняють допитливий розум. Природа, досвід, експеримент стають критеріями істинних знань.) У філософії з'являються елементи й тенденції (матеріалістичного спрямування, то суперечать релігійному світоглядові.) Професори Києво-Могилянської академії наприкінці XVII — на початку XVIII ст. визнавали вчення М. Коперника і Г. Галілея. Г. Кониський відверто зазначає, що не бачиїь інших причин, крім Св. Письма, яке суперечить ученню М. Коперника, ігнорувати це вчення. Він наголошує на розбіжностях між Св. Письмом і науковими даними.
Незалежність науки і філософії від релігії і богослов'я встановлювалась шляхом вилучення віри з наукового раціонального знання: все, що доводиться експериментами, не може бути заперечене вірою) Всупереч офіційній ортодоксальній думці, Г. Кониський викладає у своєму курсі теорію вихорів Декарта, яка пояснювала будову Всесвіту з допомогою законів механіки. У курсах філософії Г. Кониського, М. Козачинського та Ф. Прокоповича можна знайти посилання на дослідження Евкліда, Архімеда, Коперника, Галілея, Везалія, Декарта та ін. Звернення до природничих наук, посилання на дослідження астрономів, фізиків, математиків нового часу — у курсах натурфілософії означали не лише звільнення філософії від богослів'я,а й заперечення середньовічної традиції знання з культом авторитету, це був виступ проти авторитарного знання. Натурфілософія виступає проти закостенілого принципу метафізичної схоластики ,що втілював догматичний метод мислення, згідно з яким істина вічна, раз і назавжди дана, чи то у Св. Письмі, чи у творіннях отців церкви, чи спадщині Арістотеля, а пошуки істини зводяться до коментування того чи іншого тексту.В українській філософії першої половини XVIII ст. виразно звучить ідея про саморух природи. Професори академії настоюють на внутрішніх джерелах руху, на принципі саморуху речей і живих тіл, вважаючи вимушеним і випадковим рух від зовнішньої сили. Вони не можуть ще в своїх курсах обійтися без універсальної причини матеріального світу — Бога, як не могли обійтися без нього Ньютон, Декарт, Галілей. Але не можна не помітити, аналізуючи ці курси, що Богові як універсальній причині матеріального світу залишається в цьому світі місця все менше і менше, йoго намагаються усунути за межі цього матеріального світу. Щоб дати простір думці. Перефразовуючи крилатий вислів Арістотеля, Ф. Лопатинський пише: «Друзі всі, але більший друг істина. Розум був не в одного Платона чи Арістотеля... Ті, що вчили раніше, не суть володарі наші, а тільки провідники. Істина відкрита для всіх і ще не вичерпана». До розуму як критерію у сфері теології та філософії звертається Ф. Прокопович: «Якщо б мені довелося Казати щось таке, що не буде підтверджене свідченням слова Божого або доводитиметься не зовсім переконливими аргументами... то я наперід кажу про своє бажання й вимогу, щоб усе подібне не тільки не приймалося учнями на віру, але й прямо відкидалося як незадовільне й брехливе».
В академії, як і в суспільному житті тодішньої України панував дух релігійної толерантності, прихильниками якої були єпископи Р. Заборовський, Й. Кроковський, В. Ясинський. Наприклад, у Стародубському полку вільно проживали в слободах російські розкольники, а Чернігівська друкарня видавала їхні твори — «лютеранські вольності». Думки про те, що ніякі релігійні переконання не повинні заважати людям пізнавати істину, спілкуватися на ниві науки, вивчати філософію, часто висловлювали у своїх творах Ф. Прокопович, Г. Кониський, Г. Бужинський.
Істина науково-філософська та істина богословська можуть існувати незалежно одна від одної — так твердила теорія двох істин, і це, безперечно, сприяло розкріпаченню думки, готувало нові кроки на тернистому шляху до істини.
Великий внесок у створення атмосфери вільнодумства у Києво-Могилянській академії зробили її викладачі своєю обізнаністю зі здобутками природничих наук. Зокрема, Феофан Прокопович був досить добре обізнаний із зоологією, геологією, ботанікою. Його бібліотека була наповнена книгами з біології, астрономії, медицини, фізики, математики. Добрими знавцями цих наук були К. Кіндратович, С. Яворський, Я. Маркевич, а Є. Славінецький ще у XVII ст. переклав з латинської «Книгу врачевскую» Везалія. Таке зближення філософії з природознавством не могло не сприяти посиленню цікавості до світу і місця людини у ньому. А теорія подвійної істини починає грати у вітчизняній філософії наступальну роль у боротьбі проти авторитаризму та догматизму .Спираючись на неї, професори Києво-Могилянської академії, зберігаючи лояльність до релігійної ідеології, водночас мимоволі звільняли філософську думку від настирливої теологічної оціки.
Не можна забувати про те, що методом викладання філософії в Києво-Могилянській академії, як і в багатьох вищих навчальних закладах Західної Європи, залишався схоластичний. Якщо мислителі доби ранніх буржуазних революцій Гассенді, Гоббс, Локк, Лейбніц не були спеціально пов'язані з якоюсь філософією чи навчальною програмою, то викладачі академії неухильно повинні були її виконувати. Академія мала давати не лише філософську освіту. Вона стала осередком боротьби проти католицької експансії. Самі єзуїти змушені були визнати, що, коли "козаки відстоювали свою свободу варварськими методами, то діячі Києво-Могилянської академії не менш успішно боролися за неї на ниві науки і освіти». Викладачі академії зуміли відчути і оцінити теоретико-пізнавальний потенціал філософської науки, її практичний характер як одного із засобів утвердження національної свідомості.