Перші аптеки, аптекарський наказ
Разом з тим деякі іноземні аптекарі, виписані царем Іваном Грозним, здобули в Росії темну репутацію. Так, привезений посланником царя з Англії доктор і аптекар Єлисей Бомелій вважався придворним отруйником. З чуток, він займався приготуванням отрут для знищення неугодних Грозному бояр. В їх числі указували на Григорія Грязного, Івана Гвоздєва і ін. Згодом Єлисея Бомелія спалили на багатті, викривши його в таємних стосунках із Стефаном Баторієм — королем Речі Посполитої (нині Польщі), який в ті роки воював з Росією.
При кончині Івана Грозного в 1584 р. по Москві ходили наполегливі чутки, що царя отруїли придворні лікарі і аптекарі. Чи так це було насправді, встановити достовірно дотепер не вдалося. Таким чином, Грозний користувався своєю аптекою не так довго.
Починаючи з 30-х років 17 століття ліки з "царевої аптеки" стали відпускати вузькому колу придворних, та тим, хто відправлявся у військо, поступово це розповсюдилося „для всех чинов людей” (втім спочатку це вимагало навіть чолобитної грамоти на ім'я самого царя). Так, збереглися відомості, що в 1630 році князю Івану Катирєву-Ростовському, що страждав сильними головними болями, були потрібні деякі ліки і він бив чолом царю: "пожалуй меня, холопа своего, вели, государь, мне дать для моей головной болезни из своей государевой аптеки своих государевых масел", і далі йшов перелік 18 засобів, серед яких було масло коричне, гвоздикове, мускатне, анісове, горілки (настої) м'ятна, "свороборинная", "финиколевая" і ін. Цар задовольнив це прохання і було відпущене: "іноземних масел по одному золотнику, московських масел по п'яти золотників, водок - по фунту".
Друга аптека в Москві була організована лише через 90 років, 20 березня 1672 р., по указу царя Олексія Михайловича (1645—1676) на території Нового гостинного двору: "на новом гостинном дворе, где против Большого Приходу, очистить палаты, а в тех палатах указал Великий Государь построить аптеку для продажи всяких лекарств всяких чинов людей". Її стали називати новою аптекою, а першу аптеку — старою. Але і вона не була доступна населенню. Ця друга аптека забезпечувалася зі складу кремлівської аптеки, швидко завоювала авторитет в Москві - вона забезпечувала ліками "всякого чину люд" і забезпечувала ліками військові частини. Мабуть аптека не приносила доходу казні, нічим іншим не можна пояснити наявність при ній: "большого кабака, который по словам доктора Розенберга вместе с аптекаю принес казне в год чистого дохода до 28 тысяч рублей" - сума на ті часи астрономічна. До того ж, за свідченням шведського дипломата: „аптека ця рік від року приходить в занепад, хоча забезпечена багатьма добрими ліками. Всі ці ліки відпускаються за печатями (тобто по рецептах) і надзвичайно дорогі”. В 1673 р. при Гостиному дворі відкрита так звана нова аптека Гутменша, де всі охочі могли по рецептах отримати ліки. В 1682 р. по указу царя Федора Іоановича біля Нікітських воріт поряд з першим цивільним госпіталем відкрита третя аптека " для того, чтобы ходить со всяким рецептом вгороднеудобно ". Приблизно в цей же час зроблені спроби влаштування аптек в інших містах Росії: в 1673 році - у Вологді, в 1679 році - в Казані. В 1701 р. Петро 1 наказав влаштувати в Москві 8 аптек.В документах ХVII в. неодноразово згадуються аптекарські сади, або аптечні городи. Тут під спостереженням іноземних „ботаніків-городників” поряд з лікарськими рослинами росли ягідні кущі і плодові дерева. Коли восени 1661 р. створювали новий "аптекарський двір, що у Кам'яного моста", то садили там чорну, білу і червону смородину, вишню і сливу, для чого були узяті саджанці з приватного саду боярина Микити Івановича Романова, в якому також росли "аптекарські всякі трави". Окрім цього аптекарські сади були біля М’ясницьких воріт та поблизу Німецької слободи. Аптекарські сади служили не тільки для розведення лікарських рослин, але і для приготування тут же самих ліків. Так, при головному з них знаходилася особлива "кокторія", щось на зразок фармацевтичної лабораторії. Всі сади знаходилися у віданні аптекарського наказу, хоча належали в більшості випадків іншим наказам оскільки займалися не тільки лікарськими рослинами, але і виробляли спирт, вино. Так, відомо, що Московський аптекарський двір (город) забезпечував Московські села вином і медом-сирцем. Через цю прибуткову в усі часи справу багато наказів намагалися отримати право володіти і розпоряджатися аптекарським двором. Нарешті в кінці 17 століття при царі Федорі Олексійовичі аптекарський двір (город) і інші двори Московського і інших повітів, які раніше належали наказу таємних справ, царським указом були передані в наказ великого палацу.
У той час лікарі виписували ліки, що включають іноді 10 і більше інгредієнтів, в основному, сечогінної, потогінної і послаблюючої дії. Сьогодні такі прописи можна було б віднести до детоксикаційної терапії. Разом з тим використовувалися і інші найрізноманітніші речовини.
Вже в 16-початку 17 століття лікарі в Росії вживали не тільки такі розхожі заморські ліки як опій, камфору, олександрійський лист і ін., але і багато лікарських рослин з арсеналу російської народної медицини - солодковий корінь, ялівець і ін. Надалі асортимент ліків в аптеках ще більш зріс - більше стало лікарських трав, що виростали в різних регіонах Росії: їх поставляли в обов'язковому порядку в Аптекарський наказ як ягідну повинність (вид державного податку). Використовування лікарських трав (фітотерапії) міцно увійшло тоді до лікувальної практики лікарів Аптекарського наказу. Вважалося, наприклад, що буковиця "мокроту виведе з грудей, каміння в нирках кришить і сечу виводить" - її призначали як відхаркувальний і сечогінний засіб, використовували при лікуванні лихоманок і хвороб печінки, для загоєння ран і попередження отруєнь. Городню м'яту використовували як протиблювотний і збудливий апетит засіб. Ромашку застосовували при лікуванні 25 захворювань у тому числі як протизапальний засіб. В ліки, приготовані в аптеках крім лікарської сировини аптекарі, за призначенням лікарів, включали різні органічні і неорганічні речовини - жир, мед, різні мінерали, метали і інше. Проте, деякі ліки як і раніше закуплялися за рубежем: як правило в Англії, де в 17 столітті існувала система постачання такими засобами. Ліки з Англії поставляв до Росії Джон Баттерсбі, який був учнем відомих англійських лікарів того часу - Річарда Холланда і Едварда Кука - вони ще раніше контактували з Росією, поставляючи різні лікарські засоби, були пов'язані з практикуючими при царському дворі докторами Артемієм Дієм, Пітером Смартом і ін. Джон Баттерсбі став надалі магістром аптекарів і його інструменти (товкач, ступка) дотепер зберігаються в музеї Королівського суспільства аптекарів в Лондоні. Його учнем був відомий російський аптекар Роман Беніан, довгий час працюючий в Москві. Хоча в записах Англійського аптекарського суспільства (за винятком праць 1644 року) не вказується на систему постачання Росії, за іншими даними можна припускати, що вона існувала - була заснована в 17 столітті доктором Дієм і продовжувала діяти за його послідовника доктора Коллінса. Відомо, що Коллінс, в листуванні з відомим ученим Робертом Бойлем, питав у нього поради як у фахівця-хіміка як приготувати препарати миш'яку найдешевшим способом і просив його допомогти зв'язатися з англійським аптекарем містером Баттерсбі, "який забезпечує нас ліками і є дуже чесним і здатним аптекарем". Відомо також, що до Росії експортувалися ліки, не включені в Лондонську фармакопею, які було важко збути в Лондоні через обмеження, накладені королівським коледжем лікарів.