Перші аптеки, аптекарський наказ
Треба відзначити, що Петро I сам добре розбирався в медицині. Він прослуховував курс в Лейденському університеті, там же познайомився з кращими лікарнями, анатомічними музеями, видатними лікарями. В Голландії він придбав знамениту анатомічну колекцію «монстрів» (народжених з вадами розвитку), що стала основою першого анатомічного музею Росії - «Кунсткамери». Зі всіх країн збирали в «кунсткамеру» раритети і «монстрів», старовинні книги і т.д. Петро не жалів на це грошей. Одночасно створювалася і Публічна бібліотека, кістяк якої складався з книг Аптечного наказу. В 1719 р. «Кунсткамеру» і Публічну бібліотеку відкрили. Цікавий виступ Петра I із цього приводу: «Я еще приказываю не только всякого пускать сюда даром, но если кто придет с компанией смотреть редкости, то и угощать их на мой счет чашкою кофе, рюмкою водки либо чем–нибудь иным в самих этих комнатах».Найважливішою ланкою реформ з'явилася заснування Московського госпіталю і лікарської школи при ньому. Указом Петра I, підписаним 25 травня 1706 р., наказано: «За Яузою рекою против Немецкой слободы в пристойном месте . построить госпиталь», де «больных лечить и врачов учить было можно».Московський військовий госпіталь, при якому теж була організована госпітальна школа, зберігся до теперішнього часу – це нині Головний військовий госпіталь ім. Н.Н. Бурденко. В 1707 р. спорудження госпіталю було закінчено, в нього були поміщені перші хворі, і при ньому почала функціонувати госпітальна школа – перший вищий учбовий медичний заклад. Таким чином, 1707 р. – це рік початку вітчизняної вищої медичної освіти. Не дивлячись на такі прості назви, як «школа», «медико-хірургічне училище», підготовка в них не поступалася підготовці в європейських університетах. В госпітальних школах навчання було практичним: учні безпосередньо брали участь в лікуванні хворих, розтинали трупи: «Разобрание анатомическое чинить в палате, определенной на то в госпитале, а особливо которые будут болезни странные, тех отнюдь не пропускать без анатомического действия, и что достопамятно есть, иное велеть рисовальному мастеру срисовать».
Надалі анатомічні розтини були продовжені в анатомічних театрах, відкритих в госпітальних школах. За повідомленнями іноземних газет, на розтинах були присутні не тільки цар, сановники, але навіть жінки з вищого світу.
Мало-помалу свідомість необхідності анатомічної освіти розповсюджується і в провінції. З міста Шуї від цілувальників Фоміна і Тріфонова на ім'я Петра була прислана петиція про присилання лікаря для огляду знайденого на льоду річки Тези «мертвого тіла і узяття його в убогий будинок» (міський морг), звідки бралися трупи для публічних автопсій в Москві.
Обов'язкове залучення медичних лікарів для розтинів трупів при насильній смерті було визначено Військовим статутом Петра I в 1716 р. З виходом же указу 1746 р. заняття на трупах прийняли характер обов'язкових. Майбутні лікарі отримали можливість набувати навики у виконанні розтинів, а пояснення «докторів» і «операторів» повинні були розширювати уявлення про істоту хвороб і причини смерті.
В госпітальних школах повністю відійшли від методу навчання в європейських університетах, що зберігав риси середньовічної схоластики: книжково–словесне навчання, заучування текстів, «диспути» по заучених текстах. В госпітальних школах в обов'язкове навчання було введено курс приготування ліків. У великому об'ємі викладалася і «матерія медика» – курс, що включав фармакогнозію, фармакологію, фармацію, а згодом і ботаніку. Заняття з цих дисциплін проводилися в госпітальних палатах і в ботанічних садах. Один з них, створених для цієї мети Петром, зберігся до теперішнього часу (Ботанічний сад Російської академії наук). Аптекарській справі Петро надавав велику увагу. Ним був виданий указ про відкриття «вольних (тобто приватних) аптек» для обслуговування населення під контролем Аптекарської канцелярії, яка в 1707 р. змінила колишній Аптекарський наказ.
Керівництво першим вищим медичним учбовим закладом було покладено на лейб–медика Н. Бідлоо, голландського лікаря, що отримав ступінь доктора в Лейденському університеті, людини вельми обдарованої, майстерного лікаря і хірурга. Але найважливіше було те, що він всією душею був відданий своєму госпіталю і училищу і вважав в ньому «всю свою гордість і всю славу». Н. Бідлоо, спираючись на підтримку Петра I, показав себе здатним адміністратором і організатором лікувальної справи. Н.Бідлоо був і талановитим педагогом. Складені ним навчальні посібники з анатомії і хірургії протягом багатьох десятиріч були підручниками російських лікарів. Лейб–медик чудово усвідомлював, що на нього покладено Петром I завдання державної ваги – створення російської медичної освіти. Суворо контролювався відбір в госпітальну школу. Оскільки викладання велося на латинській мові, Н. Бідлоо запропонував відбір учнів вести з духовних слов'яно-греко-латинських шкіл. Ці учні знали мови і були добре підготовлені по багатьох дисциплінах: риториці, філософії, математиці, історії і т.д.
Термін навчання в тому першому медвузі коливався залежно від успішності учня. Як правило, учням через 2–3 роки навчання і успішної здачі іспитів привласнювалося звання підлікаря, а ще через 2–3 роки вони здавали «генеральний іспит» і одержували диплом лікаря. «Генеральний іспит» в основному проводили по хірургії, якій в госпітальних школах надавалася особлива увага. Клінічні обходи, розкриття трупів в анатомічному театрі, хірургічні операції в госпіталях дали поштовх розвитку російської хірургії.Госпітальні школи були відкриті в Петербурзі, Кронштадті, Колино–Воскресенську (Сибір) і інших містах. Всього за час їх існування (до організації медико-хірургічних училищ в 1786 р. і відкриття медико-хірургічних академій в Москві і Петербурзі) було підготовлено більше 3 тисяч високоосвічених лікарів. Серед викладачів і випускників госпітальних шкіл були видатні учені, що склали гордість російської науки, засновники наукових медичних шкіл: К. Щепкін (анатомія), П. Шумлянский (гістологія), П. Загорский (анатомія), Н. Максимович–Амбодик (акушерство) і багато інших.