Петро Калнишевський - останній кошовий отаман запорозької січі
Наступав царизм і на автономність запорозької церкви, яка була незалежна від київської митрополії, а підлеглість цієї церкви патріарху була номінальною. Запорозька церква вважалася парафією Межигірського монастиря, який мав право ставропігії, тобто безпосередньо залежав від патріарха й був вилучений із відомства Синоду та київського митрополита. Оскільки ж патріарх був далеко, то Межигірський монастир і його парафія - Запорозька Січ - були взагалі незалежними.
Підлягаючи московському патріарху номінально, запорозька церква була в безумовному віданні Запорозького Коша, уряду Січі, котрий поставив на її чолі «начальника запорозьких храмів» Володимира Сокальського.
Останнє слово у вирішенні церковних справ було за Кошем, а найважливіші справи вирішувалися на Раді. Рішення Коша і Ради вважалося вищим за розпорядження київського митрополита й межигірського архімандрита. Зрозуміло, що голос кошового отамана Петра Калнишевського мав пріоритетне значення. На Раді обирали й священиків від запорозьких громад, а також затверджували священиків, надісланих із монастиря. Питання про будівництво церкви на Запорожжі розв'язувалося також на загальновійськовій Раді.
На Січі була ще одна особливість - похідні церкви, які робилися з грубого полотна та церати й нагадували намети. Запорожці возили їх із собою в походи, встановлювали також поблизу сторожових постів - «бекетів». Калнишевський прагнув протидіяти тиску царських урядовців на незалежність запорозької церкви, зокрема під час російсько-турецької війни 1768-1774 років, 1769 року на противагу наказу Румянцева Калнишевський не погодився поставити запорозьких ієромонахів, що були в поході, в залежність від російських оберсвящеників усієї діючої армії.
На Запорозькій Січі, як і в усій Україні, вирішальне місце в розвитку культури, передусім духовної, належало церкві. Тому будівництво храмів вважалося дуже шанованою діяльністю й справді мало велике значення в громадському і моральному житті українського суспільства. Однак за всю історію Запорозької Січі ніхто не міг зрівнятися в цьому з Петром Калнишевським, який із щирою душею, зі знанням справи, не шкодуючи величезних коштів, віддався спорудженню і оздобленню храмів. Він побудував їх п'ять.У коло обов'язків кошового отамана входило й забезпечення освіти в Запорозькій Січі. Тут існувало три спеціальних і 16 загальноосвітніх парафіяльних шкіл при церквах у центрах паланок, слободах, селах. У школах при Святопокровській січовій церкві діти від 12 до 17 років навчалися письму, «цифірі», закону Божому, українській та старослов'янській мові, іншим наукам. Юнаки-джури, яких запорозькі козаки брали в походи, засвоювали в цій школі суворий курс фізичного й військового виховання. У 1754 р. на Січі з ініціативи кошового отамана Якима Гнатовича була утворена школа, яка випускала паланкових старшин, писарів полкових канцелярій. Існувала на Запорожжі також школа «вокальної музики й церковного співу». Тут навчали партесного співу, готували читців і співаків для церков.
Загальне управління всіма школами зосереджувалось у руках кошового отамана, отже, в останнє десятиріччя існування Запорозької Січі - у кошового отамана Петра Калнишевського. Безпосереднє управління належало начальнику «світської освіти дітей», тобто вибраному на цю посаду запорозькому старшині, якому надавалося звання «військового служителя».
Калнишевський дбав, щоб ті демократичні й гуманні принципи, які склалися в системі освіти на Запорожжі, не порушувалися, оберігав національний характер школи, дух глибокої любові до рідного народу, його культури, віри, звичаїв. Навчання велося на Запорожжі рідною тогочасною українською мовою.
Покарання різками засуджувалося, цінувалося умовляння, роз'яснення, «самовільне каяття», «словесне катування». У школі існувало «курінне управління», тобто учнівське самоврядування, причому набагато раніше, ніж його запроваджено у Швейцарії, Англії, Індії, США. Запорозькі козаки з любов'ю ставилися до дітей, особливо січовики, значна частина яких не мала власних родин.
Кошовий отаман Калнишевський дбав, аби школи мали відповідні умови для навчання й життя, своєчасно забезпечувалися приміщенням, харчами, книгами. Вся справа освіти була взята «на кошти війська». За традицією при розподілі платні, провіанту, прибутків із торгівлі, промислів, воєнної здобичі видавали «звичаєм узаконену» частину на школу. Доброю справою вважалися пожертви на школи.
Військова діяльність Петра Калнишевського найбільше пов'язана з російсько-турецькою війною 1768-1774 років. На театрах війни запорозькі козаки були ударною, досвідченою, майстерною й мужньою силою іррегулярних військ російської армії. Запорожці, які здавна знали тактику турецько-татарських військ в умовах причорноморських степів, добре ними вивчених, найкраще могли протидіяти рухливій, легкій азіатській кінноті, що складала основну силу військ противника. Запорозькі козаки особливо майстерно виконували авангардну, розвідувальну службу і не мали собі рівних у переслідуванні розбитого ворога.