Петро Калнишевський - останній кошовий отаман запорозької січі
У 1771, 1773, 1774 роках Запорозька Січ продовжувала відправляти депутації до імператорського двору, але з тим же негативним результатом. Катерина II «радикально» вирішила земельні суперечки Запорожжя. «З матернію ніжністю і щедротою», подаючи надію запорожцям і присипляючи їхню пильність, вона доручила водночас своєму офіційному «російському історіографу» німцю Герарду Міллеру «науково» довести, що Січ, узагалі, не має ніяких прав на володіння своїми землями. Про це стало відомо запорожцям, остання депутація котрих повідомляла на початку 1775 р. у Кіш, що Міллер за завданням Колегії іноземних справ робить виписки з архівних документів про Запорожжя: «Тепер ми сього дійшли, що доручено в Іноземній колегії історику німцю, полковнику Мійнеру, виписку чинити, з якої вже частина скопійована і посилається».
Дві статті Міллера - «Міркування про запорожців» і «Коротка виписка про малоросійський народ і запорожців» були подані уряду як доповідні записки напередодні зруйнування Січі - 10 травня 1775 р. Оцінки Міллера виражали офіційні імперські погляди на запорозьке козацтво. Деякі висунуті ним положення («Січ не має права на існування», «несамовите управління», «злодійський умисел», «політична потвора») були згодом використані в маніфесті Катерини II про ліквідацію Запорозької Січі.
Задовго до зруйнування Січі царський уряд, намагаючися поступово звужувати її автономію, не тільки відбирав землі, а й втручався в самостійний внутрішній лад Січі, галузі управління, самоврядування, судочинства, церковні справи. Спочатку дуже обережно, але послідовно обмежувалися демократичні порядки запорозького козацтва. Готувалися проекти реформ, що передбачали насамперед ліквідацію виборності старшини, зокрема й урядової - кошової, а також заборону рядовим козакам брати участь у радах. Крім того, при кошовому отаманові запроваджувався спеціальний пристав - царський штаб-офіцер.
Ліквідації самоврядування у сфері виборності старшини домагалася й частина запорозької верхівки. Проект скасування виборів і принцип призначення старшини урядом розробив військовий писар Павло Чернявський. Окремі представники запорозької верхівки, догоджаючи царським властям, воліли це робити таємно. Чернявський, зокрема, побоюючись розправи з боку козаків, просив не вказувати його прізвище в офіційних документах.Зі вступом Катерини II на престол втручання царизму в демократичний лад Запорозької Січі, її управління набрало безцеремонного, брутального характеру. 9 вересня 1762 р. на коронацію Катерини приїхала запорозька депутація у складі щойно обраного кошового отамана Петра Калнишевського і військового кошового писаря Івана Глоби. Оскільки Калнишевський не сподобався імператриці, на Січ надійшов наказ відсунути його від кошового отаманства. У грудні 1762 р. рішення про вибори лише на старшинських нарадах ухвалила сходка курінних отаманів. Відтоді на посади подекуди обирали не на загальновійськовій раді, а на старшинських сходках і саме тих кандидатів, яких воліли самодержиця або її оточення.
Однак через опір козацьких мас і незгоди в середовищі самої старшини нововведення, яких вимагав царський уряд, тривалий час (по суті, до кінця існування Січі) не були реалізовані. Демократичні традиції продовжували жити на Запорожжі й запорозькі козаки на загальновійськових радах обирали кошову та іншу старшину серед тих, кого вони вважали найбільш достойними. Отже, й обрали вони в січні 1765 р. у другий раз кошовим отамана Петра Калнишевського.
Таке нехтування волею самодержиці в Петербурзі розцінили як «зухвалу непокору і свавілля». Швиденько спорядили комісію, котра протягом лютого-березня провадила слідство, яке, щоправда, не дало ніяких результатів. Водночас не на таких далеких обріях вимальовувалася неминучість війни з Туреччиною, протистояти якій без Запорозького Війська російській армії було дуже важко, особливо на такому театрі військових дій, як південні степи. Ось чому Петро Калнишевський, який мав величезний авторитет на Запорожжі, десять років залишався кошовим отаманом і протягом семи років війни командував Запорозьким Військом.
Обмежування царизмом самоврядування запорожців у сфері адміністрації, суду і безпосереднього управління Запорозькою Січчю з боку царської державної структури, знайшло свій вияв у передачі Запорозької Січі в підпорядкування київського генерал-губернатора, а також у переведенні Січі з відомства Колегії іноземних справ до Сенату, а з 1764 р., коли була знищена Українська держава - Гетьманщина - до Малоросійської колегії.
Це відповідало імперському русифікаторському напряму політики Катерини II, яка, визначаючи шляхи й мету русифікації України, Ліфляндії, Фінляндії, писала в секретній інструкції генерал-прокуророві О. Вяземському: «Надлежит легчайшим способом привести к тому, чтоб они обрусели и перестали бы глядеть, как волки к лесу. К тому приступ весьма легкий, если разумные люди избраны будут начальниками в тех провинциях».