Литовсько-Польський період
Полеміка після Берестейського Собору мала величезне значення тому, що вона уточнила характер, глибину розходження між православ’ям та католицизмом, а також протестантизмом. Хоч більша частина праць залишилася недрукованою, їх переписували, передавали з рук до рук, читали на великих зібраннях.Велике напруження викликала в Україні справа переходу на новий календарний стиль. Року 1582 папа Григорій XIII, на підставі ухвали Нікейського Собору, наказав виправити старий Юліянський календар, в якому внаслідок недокладності числення зайшла різниця між каледарним та астрономічним часом. Пап наказав з 5 лютого 1582 року додати 10 днів. Цю реформу в протестанських та православних країнах зустріли вороже і навіть чимало католиків не прийняли їі.
Ян Лятос, астроном, очолив боротьбу проти нового стилю. Проти цього стилю висловився й Собор, скликаний патріярхом Єремією. Так стався поділ населення Польщі: католики прийняли новий стиль, а православні залишили старий. Зміна календаря викликала багато надуживань: дідичі забороняли селянам відзначати свята за старим стилем і змушували їх в ті дні працювати. Це додавало ще більше роздратування, збільшувало антагонизм (М. Грушевський).
Поруч литературної полемики велася й цілком реальна боротьба. Перш за все мало значіння те, що польське правительство визнавало за легальну віру тепер тільки унію. Воно почало з репресій проти Никифора - його відвезли до Марієнбургської фортеці, тримали його у вязниці, доки він там не помер.
Слабого митрополита Михаїла Рогозу замінив у 1600 році єпископ Володимирський, талановитий Іпатій Потій, що був до того Володимирським старостою, людина з великими зв’язками, добрий промовець і дипломат. Він повів рішучу боротьбу за переведення унії в життя. Потій почав переслідувати непокірних ігуменів і священників, одбирати у православних монастирі й друкарні, засновувати уніятські школи. Православна церква впадала в стан повної дезорганізації, яку зручно використовували прихильники унії.
На той час православне духовенство не мало рівного митрополитові Потієві, але мало князя Острозького, який останні роки свого життя присвятив боротьбі з унією та обороні Православної Церкви. Шукаючи підтримки, князь зблизився з кальвіністами. В 1599 році у Вільні відбулася Генеральна Конференція, на якій він заступав православну шляхту, а князь М. Радзівілл - кальвінистичну. Але співпраця двох конфесій не наладналась, бо духовні кола вороже поставилися до кальвіністів.Року 1603-1605 польський уряд пішов на поступки: з митрополії уніятського митрополита вилучено Київо- Печерський манастир і дозволено обрати там православного архимандрита - Єлісея Плетенецького. А в 1607 році шляхта добилась того, що сойм ухвалив, що за грецькою вірою православного обряду залишаються її давні права, і духовенству, яке не хотіло приймати унії, дарувалась амнестія. Але ці постанови самі по собі не мали великого значіння. Не вважаючи на велике роздратування в православнім таборі, ідея унії потроху знаходила собі прихильників серед православних духовних і то не тільки таких, що схилялися до унії з особистої користі, але з мотивів ідейного характеру. Вона знаходила навіть фанатиків і мучеників. Але ще й більше значення мало те, що незалежно від унії, в початках XVII віку, масова дезерція магнатів і шляхти безпосередньо в польсько-католицький табор, виявилась в більшім розмірі, як то було раніше. Одні виховані в єзуїтських школах, другі - просто в наслідок перемоги польської культури й більшої привабливості блеску західньо-європейського життя, яке в цій культурі відбивалося, покидали свою батьківську православну віру, свою мову, звичаї, одежу й ставали католиками-поляками. В 1608р. помер старий князь Острозький, а його діти вже стали католиками. Його внучка Анна- Алоїза, що була замужем за Яном Ходкевичем, гетьманом литовським, цілком підпала під вплив єзуїтів і, ставши власницею Острога, з усіх сил заходилась нищити діло свого славетного діда. На місці православної академії повстала єзуїтська колегія. Анна-Алоїза “перехрестила” кістки батька Олександра Острозького, перетворивши цю процедуру на театрализоване дійство. За свідченням місцевого літописця, “загробний” голос князя просив, щоб його було обернено на католика, бо “віра ліпша римська”. Наступним кроком стало створення Петром Могилою на основі школи Київського Богоявленського братства, колегіуму (знаного як Київо-Могилянський), де традиційна для братських шкіл грецька мова значно поступилася місцем латині, котра у Речі Посполитій мала не лише освітнє, а практичне значення - як мова судочинства, діловодства тощо. З виникненням колегіуму за Київом остаточно закріпилось роль провідного осередку національної культури, де групувались найкращі інтелектуальні сили суспільства. Піднесенню престижу місця сприяло відновлення Могилою занедбаних і напівзруйнованих київських храмів - Софійського, Михайловського, Кирилівського тощо.
Справа української Православної Церкви спиралась тепер на дрібну шляхту й на міщанство. Це надає в дальшому боротьбі за православіє більш народний, демократичний характер.