Проблема субстанції
Як і Ф.Бекон, Р.Декарт підкреслює практичне значення науки як знаряддя прогресу. Проте свою методологію він будує на принципах раціоналістичної дедукції, а експеримент визнає лише як передумову пізнання, що має підпорядковуватись раціональноматематичному мисленню.
Суть свого дедуктивного методу Декарт сформулював у відомих чотирьох правилах. У першому йдеться про вихідний пункт наукового пізнання — визначення принципів або начал. За істинні, згідно з цим правилом, можна вважати лише ті положення, які не викликають ніякого сумніву і не потребують доведення, істинність яких для розуму самоочевидна. Піддавай усе сумніву! У другому правилі формулюється вимога аналітичного вивчення природних явищ. Кожну складну проблему слід ділити на простіші і робити це доти, доки не прийдемо до ясних та очевидних речей. Третє правило вимагає "дотримуватись певного порядку мислення", який полягає в тому, щоб починати з найпростіших і доступних для пізнання предметів і поступово сходити до складніших і важчих. Таке сходження, за Декартом, є процесом опосередкованого дедуктивного виведення, що спирається на інтуїцію. Отже, засадними елементами раціоналістичного методу Декарта є дедукція та інтуїція. Четверте правило орієнтує на досягнення повноти знання, на послідовність та ретельність дедуктивного виведення і вимагає повного переліку, детального огляду всіх ланок. Розум, озброєний дедуктивним методом, здатний пізнати найглибші основи світу і не може мати, на думку Декарта, перешкод у послідовному сходженні до істини.
Критерій ясності та очевидності приводить Декарта до необхідності доповнити раціоналістичну дедукцію методологією інтелектуальної інтуїції. Раціоналістична дедукція потребує вихідних положень, які вже ні з чого не виводяться, а є самоочевидними. Ці вихідні самоочевидні положення Декарт кваліфікує як інтуїтивні. Прообразом їх є аксіоми математики, зокрема геометрії.
Шукаючи такі самоочевидні вихідні інтуїції, що не викликають ніякого сумніву, Декарт доходить висновку, що в основі їх лежить положення: "Я мислю". Неможливо заперечувати положення "Я мислю", бо заперечення, сумнів теж є проявом мислення. Саме положенню "Я мислю" притаманні ясність та самоочевидність. Далі Декарт робить другий крок: "Мислю, отже існую " ("Cogito ergo sum"). Тобто від здатності мислити переходить до суб'єкта, істоти, яка мислить. Декарт вважає, що людина від народження має певні вроджені ідеї, які й становлять фундамент пізнання. Їх слід уяснити і з допомогою раціоналістичнодедуктивного методу вивести на їхній основі всю систему знання. До вроджених ідей Декарт відносить: ідею Бога як істоти найдосконалішої; деякі загальні ідеї та аксіоми математики, наприклад, "якщо до рівних величин додати рівні, то отримані результати будуть рівними між собою" і т.д. Ці ідеї Декарт розглядає як втілення природного світла розуму.
Емпіричний напрямок у філософії Нового часу розвивався переважно англійською філософією XVII—XVIII ст. Одним з її представників, що продовжив лінію Ф.Бекона, був Томас Гоббс (1588—1679), основні ідеї якого викладені у працях: "Левіафан" (1651), "Про тіло" (1655), "Про людину" (1658). Т.Гобс, як і Ф.Бекон, вважав, що основним методом наукового пізнання має бути аналітикоіндуктивна методологія, основою якої є розкладання на окремі без'якісні елементи: лінії, фігури, величини, площини і т.п. та їх систематизація.
Поглибити і далі конкретизувати емпіричну методологію спробував видатний філософматеріаліст XVII ст. Джон Локк (1632—1704) у працях: "Досвід про людське розуміння" (1690), "Два трактати про державне управління" (1690), "Думки про виховання" (1693), "Розумність християнства" (1695), які справили значний вплив на подальший розвиток філософської і суспільної думки як на Британських островах, так і на континенті.
Основне завдання своєї філософії Локк вбачає в дослідженні пізнавальних здібностей та здатностей людини, у виявленні джерел походження людського знання. Дослідження даних проблем він починає з критики теорії вроджених ідей Декарта. Локк доводить, що всі ідеї і поняття льодини виникають внаслідок дії речей зовнішнього світу на органи чуття людини. Він розробляє сенсуалістичну (sensus — відчуття) теорію пізнання, згідно з якою джерелом усіх знань є відчуття. Душа людини від природи є "чистою дошкою" {tabu! a rasd), на якій "чуттєвий досвід малює свої візерунки".Пізнання Локк розглядав як результат чуттєвого досвіду індивіда і поділяв його на дві сфери: зовнішній досвід, об'єктом якого є зовнішній світ, та внутрішній, об'єктом якого є діяльність душі людини. Зовнішній досвід є основою чуттєвого пізнання природи, а внутрішній — рефлексивного пізнання діяльності душі. Із цих двох джерел, на думку Локка, ми дістаємо усі наші прості ідеї — найясніші і найсамоочевидніші. Далі пізнання здійснюється через діяльність розуму, який сприймає прості ідеї, співставляє їх, поєднує, порівнює, класифікує, створюючи складні ідеї. Наприклад, складна ідея "друг" є результатом комбінації простих ідей: людина, любов, дія, благо; складна ідея 'Бог" є результатом простих ідей рефлексії: безкінечність, існування, тривалість, задоволення, щастя, сила. Важливим елементом гносеологічних поглядів Локка є концепція первинних та вторинних якостей. Дія речей зовнішнього світу на наші органи чуття, на думку Локка, може давати адекватні та неадекватні уявлення про них. Наприклад, наші ідеї про рух, спокій, фігури, маси, числа, протяжність і т.д. — це адекватні ідеї, які є копіями властивостей речей зовнішнього світу, це первісні якості. Виникнення вторинних якостей пов'язане зі специфікою наших органів чуття, за допомогою яких сприймаємо запах, кольори, смак, тепло, звук і т.д Вторинні якості не існують незалежно від суб'єкта і тому є неадекватними, вони не відображають адекватно властивості самих речей. В речах є тільки здатність викликати в нас ці відчуття. Хоч і первинні, і вторинні якості є результатом дії речей на наші органи чуття, проте за своїм змістом вторинні якості є суб'єктивними і, тому тут виникає загроза відриву чуттєвих образів від матеріального світу. Поділ усіх якостей на об'єктивні та суб'єктивні, первинні та вторинні є характерним для філософії Нового часу і відображає рівень розвитку науки того часу. Об'єктивними та дійсними вважалися механікогеометричні властивості речей, усі інші відносились до сфери суб'єктивної уяви. Проте Локк дає матеріалістичне тлумачення вторинних якостей, які викликаються цілком об'єктивними причинами — силами, які є властивістю тіл завдяки первинним якостям викликати певні зміни в інших тілах. Відчуття з цього боку є такими змінами, що викликаються в органах чуття людини реальними силами, хоч і не відображають адекватно об'єктивну природу цих сил.