Наступник Богдана Хмельницького - Іван Виговський
Не тільки селяни, а й частина козаків, окремі міста й такі старшини, як вінницький пол'ковник Іван Богун і славетний кошовий Іван Сірко - противники Московської держави, взяли участь у повстанні проти Виговського, яке згодом переросло в народне антипанське повстання. Жертвою його став і Юрій Немирич, якого селяни зарубали біля села Свидовця Козелецького повіту, розшматувавши його тіло. У цей час Іван Сірко підняв повстання на півдні. Оголосивши гетьманом Юрася Хмельницького, він організував напад на Крим. Хан, змушений поспішити туди, покинув Виговського, який не мав змоги без татар продовжувати наступ на Москву.
Шанс визволити Україну від царського панування був утрачений. Група полковників, очолених Тимошем Цецюрою, Василем Золотаренком, Якимом Сомком, які домагалися гетьманства, організували змову проти гетьмана. За допомогою «ратних людей» Шереметьєва перебили кілька тисяч прихильників Виговського. Знову спалахнуло полум'я громадянської війни. Очевидець писав:
«Одно містечко воює проти іншого, син проти батька, батько проти сина - страшне тут твориться вавілонське замішання». Змовники закликали на Україну Трубецького з рештою його армії. Він зібрав свої полки, а потім вийшов на Лівобережжя, захоплюючи місто за містом і приводячи всіх до присяги на вірність цареві. Київський воєвода Шереметьєв послав військо з Києва, яке попалило і зруйнувало дощенту Гоголів, Вороньків, Трипілля, Стайки, Макарів, Горностай-поле і ще багато інших містечок, сіл і хуторів, а людей - і великих, і дітей, і жінок - усіх до ноги вибило.
Гетьман спробував звернутися до ради, яка зібралася в Германівці на Київщині 11 вересня 1659 р., але мусив утікати. Всі козаки його покинули й перейшли до Юрія Хмельницького. З Виговським залишилися тільки його наймане військо та поляки. Верещагу й Сулиму, яким гетьман звелів прочитати на раді гадяцькі пакти, козаки порубали. Група Цецюри звинуватила Виговського в тому, що він «продав козацьку волю за польські шляхетські привілеї». Рада розійшлася й зібралася через деякий час у Жердеві, поблизу Канева, вже без Виговського. Обрали гетьманом Юрася Хмельницького. Виговський добровільно передав гетьманські клейноди - булаву та бунчук, але поставив умову, щоб його жінку Олену Виговську з маленьким сином Остапом Юрій Хмельницький випустив із Чигирина.На той час царська армія оволоділа всім Лівобережжям. її командуючий Трубецькой, виконуючи таємні царські інструкції, закликав Юрася Хмельницького до Переяслава. Тут Трубецькой організував раду, оточивши її 40-тисячним царським військом. Переважали на раді старшини - прихильники Москви, з правобережних полковників майже ніхто не прибув. Юрій Хмельницький, якого знову було обрано гетьманом, потрапив фактично в становище заручника Трубецького й мусив прийняти так звані переяславські статті, в яких, крім інших обмежень української державності, встановлювався контроль царя над військовою діяльністю козацтва, обмежувалася влада гетьмана й підпорядковувалися численним царським воєводам функції та права старшинської адміністрації.
Майже всіх родичів Виговського було заарештовано: братів - Данила, Василя, Юрія, небожа Іллю Виговських. Їх забрали до Москви, а потім заслали в Сибір. Данило Виговський вмер по дорозі, в Калузі, не витримавши мордування.
Після ради до Івана Виговського, котрий спинився у Білій Церкві, прибули обозний Носач, полковники Гуляйницький та Дорошенко і вручили колишньому гетьману постанову ради й підписку нового гетьмана Юрія Хмельницького та старшини, що вони видадуть Виговському його дружину й звільнять із полону в Чигирині деяких поляків. Але Юрій Хмельницький зламав своє слово й не випустив Олену Виговську, якій довелося майже рік прожити в Суботові під сторожею, де вона дуже бідувала. Він навіть мав намір видати її з дитиною царському уряду.
Переяславські статті 1659 р. викликали гостре невдоволення козацтва та обурення серед старшини, значна частина якої після цього відійшла від Москви, зокрема й деякі найбільші її прихильники. Утвердившися на Лівобережжі, царський уряд поставив за мету анулювати Гадяцьку угоду й продовжити експансію на Правобережну Україну. Він направив туди, в порушення Віденської угоди з Польщею, 20-тисячну сильно озброєну й вимуштрувану чужоземними офіцерами армію під проводом Василя Шереметьєва, а також 20-тисячний козацький корпус під командуванням полковника Тимоша Цецюри. Гетьман Юрій Хмельницький із 30-тисячним козацьким військом мусив до них приєднатися по дорозі.
Поляки оточили Шереметьєва під містечком Любаром. Після кількаденних боїв Шереметьєв відійшов до Чуднова, де його війська було взято в облогу. Юрія Хмельницького атакували під Слободищами. Козаки відбили атаки, й тоді польний гетьман Юрій Любомирський запропонував переговори. Старшина пішла на них. Тут таки, в полі, уклали Слободищенський трактат на основі Галицької угоди, але без головного, принципового пункту про окреме самостійне «Велике князівство Руське». Узгоджена була тільки автономія України на чолі з гетьманом Юрієм Хмельницьким.
Козацькі частини на чолі з Цецюрою залишили табір царського воєводи, який, довідавшися про договір Юрія Хмельницького з поляками, капітулював. Попередньо він видав кілька тисяч козаків, котрі лишилися в його таборі, татарам у неволю, вимовивши для своєї армії право повернення додому без зброї. Але татари кинулися на неозброєне московське військо, половину вирізали, решту взяли в полон. Сам Шереметьєв 20 років просидів у Криму в неволі.